主要組織相容性複合體( major histocompatibility complex，MHC) 是一組編碼動物主要組織相容性抗原的基因群的統稱。人類的MHC位於人的6號染色體短臂上，小鼠的MHC位於小鼠的17號染色體上。MHC的長度大約為4×10^6bp。人類的MHC也叫做HLA(human leukocyte antigen,HLA)複合體。小鼠的MHC則被稱為H-2基因。由於MHC的多基因特性，依據其編碼分子的結構、組織分布與功能差異，可分為MHC I類、MHC II類、MHC III類基因，分別編碼MHC I類分子、MHC II類分子、MHC III類分子。人類的MHC產物通常被稱為HLA (human leukocyte antigen，HLA)， 即人類白細胞抗原。
MHC的兩個重要特性是其多基因性與高度多態性，由此造成每一種屬的每一個體都有其特有的一套MHC分子。